Η Εθνική Αρχή Ηλεκτρονικής Υγείας (ΕΑΗΥ) αποτελείται από 4 βασικούς τομείς:
Η οργάνωση και οι δραστηριότητες του κάθε τομέα συνδυάζεται με την τμηματική οργάνωση, ενισχύοντας την οριζόντια συνεργασία και συνέργεια σε δράσεις της ΕΑΗΥ, με στόχο την αύξηση της αποδοτικότητας και της παράδοσης υψηλού επιπέδου υπηρεσιών.
Το οργανόγραμμα της ΕΑΗΥ όπου παρουσιάζεται πιο κάτω περιλαμβάνει 3 βασικούς άξονες, με το Διοικητικό Συμβούλιο, την Γενική Διεύθυνση του οργανισμού και τους 4 Τομείς.
Τομέας Επιχειρησιακής Διεύθυνσης
Ο Τομέας Επιχειρησιακής Διεύθυνσης είναι αρμόδιος για την προετοιμασία και εποπτεία των διοικητικών πράξεων, την καλή επιχειρησιακή διαχείριση της ΕΑΗΥ, καλύπτοντας θέματα που αφορούν όλες τις υπηρεσίες της Αρχής. Συγκεκριμένα τα τεχνικά, λογιστικά, νομικά, συμμόρφωση με Ευρωπαϊκές οδηγίες, κανονισμούς και νόμους, απασχόλησης με Ευρωπαϊκά και τοπικά προγράμματα και έργα.
Τομέας Τράπεζας Δεδομένων και Συναφών Λειτουργιών
Ο Τομέας Τράπεζας Δεδομένων και Συναφών Λειτουργιών έχει την συνολική επίβλεψη της λύσης του Ολοκληρωμένους Ηλεκτρονικούς Φάκελους Υγείας του Πολίτη (ΟΗΦΥΠ), του ορισμού προδιαγραφών των δεδομένων ηλεκτρονικών μητρώων υγείας, διαχείριση των απαραίτητων μητρώων, ενσωμάτωση και διαχείριση χρηστών, πρόσβαση και παροχή γνώσεων και συμβουλών στα τμήματα Λειτουργίας και Εποπτείας.
Τομέας Εθνικού Σημείου Επαφής για την Ηλεκτρονική Υγεία
Ο Τομέας Εθνικού Σημείου Επαφής για την Ηλεκτρονική Υγεία αναλαμβάνει την λειτουργική επίβλεψη του Εθνικού Σημείου Επαφής (ΕΣΕ), που συμπεριλαμβάνει την διαχείριση τόσο των αποδείξεων όσο και των αιτημάτων για τα δεδομένα ασθενών, παροχή δευτερεύοντος και τριτοβάθμιου επιπέδου υποστήριξης, διαχείριση της κωδικοποίησης του Master Value Catalogue (MVC) και την διασφάλιση της ευθυγράμμισης με τυχόν αλλαγές από πλευράς της Ευρωπαϊκής Ένωσης.
Τομέας Τηλεϊατρικής
Ο Τομέας Τηλεϊατρικής έχει την επίβλεψη της λειτουργικότητας της τηλεϊατρικής καθώς επίσης και την έκδοση σχετικών κανονισμών υλοποίησης και χρήσης των εφαρμογών τηλεϊατρικής.